【故事簡介】
後行星世紀…… 雖然人類太空殖民體系創立至今已有數百年之久，經歷了種種動盪和變遷，但地球聯邦政府與太空移民間始終持續著對立的關係，總是在一段有所緩和後又再轉入緊張的對峙。A.C.175年，地球圈的緊張空氣又一次接近飽和，殖民衛星的和平領導人希羅•尤爾被地球聯邦政府暗殺，並且，聯邦進而以恐怖、高壓的手段完全統一了地球圈的殖民衛星，A.C.180年，北歐小國桑古王國提出完全和平主義，得到許多國家的擁護，但亦遭到聯邦的毀滅性打擊而一蹶不振。聯邦的暴政從此如同烏雲密布的暗夜，令人看不到一點希望之光……
後行星世紀195年，支持地球聯邦政府的羅姆費勒財團安插在聯邦軍內的精兵部隊OZ正急速擴大其勢力。為了與之相對抗，過去曾參與開發聯邦軍機動戰士的五位博士，分別在各個衛星用高達尼姆合金製造機動戰士高達，並培養五個少年成為高達的機師（同時亦傳授殺人、破壞等本領）。他們是：可變形成飛機、擁有一台光線炮的WING高達，駕駛員是希羅•尤爾（為了紀念衛星的領導人而命名）；全身漆黑、持有巨大熱能鐮刀的死神高達，駕駛員是狄奧•馬克士維；裝備大量導彈等遠程攻擊的強攻高達，駕駛員是特洛瓦•巴頓；手執兩把彎刀的鬥將高達，駕駛員是卡多魯•勒巴巴•納；右手可以伸縮、噴火，並持有熱能長槍的龍神高達（哪吒），駕駛員是張五飛。偽裝成流星的五部高達，分別降落地球，除了WING 高達以外均成功地摧毀了OZ諸多軍事基地、兵工廠，至於WING在降落時遭到OZ士官塞克斯•馬其士的拉截，墜落海中。逃生後的希羅就此遇見了桑古王國的公主莉麗娜•皮斯克拉夫特，後來又被狄奧所救。OZ的統帥特列斯•克舒利納達乘聯邦軍首腦聚集在新愛德華基地開會之際，引誘高達前來攻擊，借希羅之手殺害了所有聯邦軍的首腦，其中也包括諾賓達元帥等主和派的將領。與此同時，OZ在世界各地發動政變，迅速地取代了地球聯邦軍。
之後，特列斯的副官蕾蒂•安使用宇宙要塞巴魯基對付衛星，以此要挾高達的機師投降。WING以自爆表示不願將衛星牽扯進來，高達的機師們逃離包圍圈，隱藏了起來。為了謝罪，希羅和特洛瓦依次拜訪諾賓達元帥的家人，請求他們的原諒。塞克斯將希羅的WING 高達修好，並約他前往南極決鬥。決鬥時，莉麗娜帶著諾賓達元帥夫人的信前來阻拉，並因此得知塞克斯就是她的哥哥米利安•皮斯克拉夫特。羅姆費勒財團不願有高達這一叛逆的形象存在，將違反軍令的塞克斯亦當作叛徒處理。來到宇宙的蕾蒂•安以和平、低調的姿態出現在衛星代表們的面前，並很快地獲得了衛星居民的信賴。當五位高達的機師千辛萬苦回到宇宙時，他們發覺製造高達的五位博士已經被捕、在OZ的威脅下替其開發新的機動戰士，且衛星也將高達視為敵人。死神高達被毀、龍神高達亦損傷嚴重，希羅、狄奧、張五飛被捕，特洛瓦潛入OZ軍中伺機解救眾人。此時，卡多魯因父親被OZ煽動衛星居民所殺而發狂，他採用了博士們留下來的資料，那是博士們最初研究的裝載在駕駛艙內零統，可以大幅度提升機師的腦波，創造出完美的戰士，但是這種系統同時亦不顧駕駛員的安全，會將機師趕至絕地鸎卡多魯駕駛著安裝零系統的新機體——WING 高達ZERO，被零系統控制住的他接連摧毀衛星。特洛瓦不惜生命阻止卡多魯的暴走，希羅帶卡多魯回到地球。特列斯反對羅姆費勒財團用機動木偶來代替由人駕駛的機動戰士，因而被剝奪一切職務、軟禁起來。月球基地的技術長官茨巴洛夫關閉牢房中的通氣孔，企圖殺死五位博士和狄奧、張五飛。明白了特列斯真正意圖後的蕾蒂•安及時趕到，面對茨巴洛夫的槍口，打開了牢門。狄奧和張五飛乘上五位博士秘密改裝後新的高達，逃出了月面基地。
地球方面，以桑古王國為中心，越來越多的國家贊同莉麗娜公主所提倡的完全和平主義。羅姆費勒財團代表迪爾邁尤侯爵的孫女多洛茜亦以學習完全和平主義之名來到莉麗娜身邊，她真正目的只有和她幼時在一起玩耍的特列斯、塞克斯方能理解。希羅和卡多魯也來到了重建後桑古王國，作為莉麗娜的騎士，保護著這個脆弱的和平。在宇宙大量生產的機動木偶被空降到地球，以絕對的優勢制壓著反對羅姆費勒財團的國家以及擁護特列斯的原OZ士兵。桑古王國又成為羅姆費勒財團的眼中釘，莉麗娜遭到追殺。
此時，希羅前往特列斯派的據點盧森堡基地，羅姆費勒財團的機動木偶正大舉進攻那裡。希羅認為這是他最有可能會戰死的地方，但是在彈盡糧絕之時特列斯呼喚希羅，並將同樣裝載著零系統的高達艾比安送給他。另一方面，茨巴洛夫下令將WING ZERO炸毀，因自身能力大幅度提升而覺得愛機托魯傑斯再也滿足下了自己的塞克斯，將托魯傑斯自爆換WING ZERO把敵人全滅後衝往地球。迪爾邁尤侯爵終於下令攻擊桑古王國，在對方強大的兵力下，莉麗娜為了貫徹完全和平主義的理念，宣布無條件投降，她本人則交由羅姆費勒財團看管。在燃燒的桑古王國中， WINGZERO和艾比安初次交鋒，勢均力敵。 而且塞克斯和希羅都被零系統所玩弄，最後兩人相互交換機體分道揚鑣。迪爾邁尤侯爵認為莉麗娜那種堅定不屈的精神以及所提倡的和平主義有很大的凝聚力，故將她推上女王的寶座，讓其成為羅姆費勒財團的代表。借莉麗娜的形象，羅姆費勒財團很快就完全統一了地球。而莉麗娜也因此獲得了財團中大多數人的認可，反過來將迪爾邁尤侯爵排擠出去。
